新时期清华大学文科复建，作为第一任文科处处长，蔡曙山在2000年至2005年6年的时间里，不但引导清华文科的建设，还设定了文科的3类评价标准，即成果的数量（量化指标）、成果的质量（代表作制度）、学者和学科的国际化水平（国际化标准）。这些评价标准得到教育部相关部门的认可，至今仍在全国高校内广泛使用。
2005年以来，蔡曙山相继到欧美多所知名大学访问。回国后负责清华大学认知科学创新基地（教育部哲学社会科学重大创新基地之一）和清华大学心理学与认知科学研究中心的工作。
蔡曙山上山下乡时就在中国边远的贵州山村担任过民办小学教师。“从中国最基层的小学到世界排名第一的哈佛大学，作为教师和学者，我一级没拉。”他非常自豪地说。记者请他谈谈中国的大学教育和世界一流大学建设。蔡曙山说：“我想我是有资格谈这个话题的。”
